Det ble kunngjort lørdag etter at det gratis nettleksikonet fikk en 48-timers frist for å fjerne noe innhold.
Pakistan Telecommunication Authority (PTA) sa at Wikipedia ikke klarte å overholde sitt tidsfristen, skriver BBC.
Wikimedia Foundation, sa at forbudet betydde at pakistanere ville bli nektet tilgang til det største frie kunnskapslageret.
Blasfemi er et høysensitivt og eksplosivt tema i Pakistan.
Andre plattformer, som Tinder, Facebook og YouTube, ble tidligere blokkert i det muslimske landet.
PTA-talsperson Malahat Obaid sa at Wikipedia ikke reagerte på «gjentatt korrespondanse» om fjerning av «blasfemisk innhold».
– De fjernet noe av materialet, men ikke alt, la han til, og bekreftet at nettstedet ville forbli blokkert til «alt støtende materiale» ble fjernet.
Det har ikke kommet frem noe detaljer om hva som blitt fjernet.
Wikimedia Foundation sa at hvis forbudet fortsatte, ville det «frata alle tilgang til Pakistans kunnskap, historie og kultur».
Ytringsfrihetsforkjempere har reist bekymringer over tiltaket fra de pakistanske myndighetene, og sa at «det syntes å være en samordnet innsats for å utøve større kontroll over innholdet på internett».
– Hovedformålet er å kneble enhver dissens, sier menneskerettighetsaktivisten Usama Khilji.
– Mange ganger er blasfemi våpen for det formålet, la han til.
I 2010 blokkerte Pakistan YouTube. Facebook ble blokkert i 2010 etter en krangel om en internettkampanje som inviterte folk til å tegne bilder av profeten Muhammed. Datingapper som Tinder og Grindr ble også tidligere utestengt for å spre «umoralsk innhold».